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LAMMPS實操系列（三）: 大量FCC-CoCrCuFeNi高熵合金建模與結(jié)構(gòu)篩選

來源：時間：2022-11-02 16:24:10 瀏覽：3130次

前面我們介紹了對于格點原子無序的FCC-CoCrCuFeNi高熵合金理論模擬中的建模思想，以及LAMMPS的程序?qū)崿F(xiàn)，并詳細解讀我們編寫的LAMMPS腳本，下面我們將繼續(xù)介紹快速后處理結(jié)果的過程以及程序?qū)崿F(xiàn)。

當(dāng)我們用PBS提交計算任務(wù)完成后我們可以看到，計算任務(wù)文件夾中多了1000個FCC-CoCrCuFeNi高熵合金的結(jié)構(gòu)data文件以及每個結(jié)構(gòu)優(yōu)化過程中對應(yīng)的log文件。由于我們建模時保證了每個模型都是不一樣的，因此靜力學(xué)結(jié)構(gòu)優(yōu)化后，一定可以將這些體系自由能量從底到高排列，能量最低的那個就是我們需要找的目標結(jié)構(gòu)。任意打開一個log文件，可以看到每一次優(yōu)化完成之后都會有自由能的輸出：

而對于每一個log文件里面會打印三次這樣的信息，我們只需要抓取最后次的第三列就可以了。將每次獲取的文件編號及能量寫成列表，再按能量大小從小到大排序后，第一個就是我們篩選到的最優(yōu)結(jié)構(gòu)編號。處理程序如下：

#!/bin/bash

echo `echo -e "Number""\t""Energy_(eV)"` >>result.txt

for i in {1..1000}

do

energy=$(echo "`grep -A 1 'Energy initial' log.$i | tail -1|awk '{printf "%12f \n", $3}'`")

echo `echo -e $i"\t"$energy` >> result.txt

done

echo "print(''.join(sorted(open('result.txt'), key=lambda s: s.split()[1],reverse=1)))" > sort.py

python sort.py > sorted.txt

rm sort.py

該程序命名為ad.sh，我們通過再次計算任務(wù)文件夾中./ad.sh運行該程序，可得到排序后的文件sorted.txt。打開sorted.txt第一行就是我們要找的能量最小，也就是最優(yōu)的結(jié)構(gòu)。

從圖中可以看到，能量最小最優(yōu)的結(jié)構(gòu)是620號data文件，我們找到FeNiCrCoCu_620.data文件，通過OVITO可視化軟件打開，就可以得到最優(yōu)結(jié)構(gòu)的可視化圖如下：

到此為止，我們利用LAMMPS程序以及bash腳本建立大量FCC-CoCrCuFeNi高熵合金建模與最穩(wěn)定結(jié)構(gòu)的篩選就介紹完了，接下來我們將根據(jù)我們篩選出來的最優(yōu)結(jié)構(gòu)，做一些課題的研究，敬請各位讀者關(guān)注我們的更新。

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